W XVII i XVIII wieku, księgozbiór dobromiejskiej kolegiaty podzielił losy wielu innych warmińskich kolekcji wywożonych do Szwecji podczas trzech napaści na Polskę.Na grabież dzieł sztuki przyzwolenie dawały obowiązujące w tym czasie doktryny prawne ,pozwalające zwycięzcy właściwie w sposób nieograniczony brać łupy.Część z nich przekazana została Bibliotece Uniwersyteckiej w Uppsali,niektóre egzemplarze zachowano w Bibliotece Królewskiej w Sztokholmie,inne zaś otrzymali urzędnicy i dowódcy wojskowi.Nie wiadomo,ile dzieł sprzedano,a ile uległo zniszczeniu.
Dotkliwe straty dobromiejski księgozbiór poniósł również w latach późniejszych.W 1945 roku,Rosjanie,po zdobyciu tych terenów,podpalili miasto ,rujnując większość zabytków,domów i zabudowań gospodarczych,które nie uległy wcześniejszemu zniszczeniu w wyniku bezpośrednich działań wojennych.Ocalał na szczęście jeden z najcenniejszych obiektów -dobromiejska kolegiata.Pomimo,iż Armia Czerwona w krótkim czasie wywiozła biblioteczne zasoby do Królewca ,ówczesny pełnomocnik rządu RP do spraw kultury -inżynier Jan Grabowski,podjął się interwencji w sprawie ocalenia zbioru rękopisów i starodruków stanowiących wyposażenie kapitulnej biblioteki i doprowadził do powrotu dzieł do Dobrego Miasta.
Obecnie biblioteka kapitulna pełni funkcje muzeum i jest udostępniona zwiedzającym.Można w nim zobaczyć pozostałości dawnego wyposażenia kolegiaty-w tym również ocalały księgozbiór.
